Στη δεύτερη ανάκριση οι Τούρκοι έδειξαν στον Νικόλαο ένα κιβώτιο με φλουριά και άλλα χρήματα και μια λαμπρή φορεσιά. Του υποσχέθηκαν τιμές, πλούτη και ακόμη να τον κάνουν γιο τους, αν υπάκουε. Τον απείλησαν όμως και με σκληρό θάνατο. Ο Μάρτυρας αποκρίθηκε: «Ούτε τις κολακείες σας δέχομαι, ούτε τις υποσχέσεις βάζω παντελώς στο νου μου· αλλ’ ούτε τις τιμωρίες και τον θάνατο φοβάμαι· Χριστιανός είμαι, και από την αγάπη του Χριστού κανένα πράγμα δεν θα μπορέσει να με χωρίσει· εκτός εάν με υπακούσετε εσείς προηγουμένως – τους λέει με την απλότητά του – σε ένα θέμα που έχω να σας ζητήσω, και εγώ θα υπακούσω σε σας ύστερα».
Αυτοί, μη ξέροντας τι ήταν το ζήτημά του, υποσχέθηκαν με χαρά. Τότε τους λέει: «Δεχτείτε πρώτα εσείς να σας βαπτίσω, να σας κάνω Χριστιανούς, και έπειτα κάνετέ με κι εσείς ό,τι θέλετε».
Τόσο τους τάραξε αυτός ο λόγος του Μάρτυρα, τόσο τους θύμωσε, που του έκαναν τα πιο φοβερά βασανιστήρια: έχυσαν νερά κάτω στο έδαφος της φυλακής, έπειτα έχοντας διαπερασμένα σ’ ένα σανίδι πολλά και μυτερά καρφιά, το έβαλαν πάνω στα νερά και ξάπλωσαν τον Μάρτυρα πάνω στα καρφιά· επάνω στο στήθος και την κοιλιά του έβαλαν μία βαρύτατη πλάκα· στον λαιμό του πέρασαν αλυσίδα και συγχρόνως του είχαν τα πόδια στο τουμπρούκι.
Ο Χριστός όμως δεν άφησε τον δούλο του αβοήθητο και απαρηγόρητο σε τόση δυσκολία, αλλά τα μεσάνυχτα έγινε μεγάλος σεισμός και η πλάκα κύλησε από πάνω του, χωρίς να του έχει συντρίψει τα οστά, ενώ ούτε τα καρφιά τον τρύπησαν, η δε φυλακή γέμισε με ανείπωτη ευωδία. Ο ολιγόπιστος ιερέας, βλέποντας το θαύμα, μετάνιωσε για όσα είχε πει και ζήτησε συγχώρηση από τον Νικόλαο. Και οι άλλοι φυλακισμένοι αναγνώρισαν σε εκείνον έναν αληθινό Μάρτυρα.
Οι Τούρκοι, όμως, παρέμειναν αμετανόητοι. Γι’ αυτό τους άλλους τρεις συντοπίτες του τους άφησαν ελεύθερους με χρήματα, ομοίως ελευθέρωσαν με πολλά χρήματα και τον αρχιμανδρίτη Κύριλλο που τον είχαν φυλακίσει, ενώ τον Μάρτυρα τον έβγαλαν από τη φυλακή, για να μη τον βλέπουν οι άλλοι φυλακισμένοι Χριστιανοί, και αφού του έδεσαν τα χέρια και τα πόδια, τον πέταξαν μέσα στον στάβλο των αλόγων, ώστε να τον ποδοπατήσουν. Ο Θεός όμως φύλαξε τον Νικόλαο και δεν έπαθε κανένα κακό.
Μετά από τρεις ημέρες, βλέποντας ένας από τους Αγαρηνούς ότι ακόμα ζει, του έδινε ψωμί να φάει, αυτός όμως είπε πως ήταν ήδη χορτάτος από την τροφή που του είχε φέρει η αδελφή του –παρότι εκείνη βρισκόταν κρυμμένη μακριά από φόβο– και συνέχισε να νηστεύει, καθώς και όλο τον καιρό του μαρτυρίου του με νηστεία μεγάλη τον πέρασε.
Ύστερα από τριάντα ημέρες βασανισμών, οι Τούρκοι ζήτησαν φετφά (απόφαση) από τον μουφτή για να τον θανατώσουν, εκείνος όμως δεν έδωσε, επειδή ο Νικόλαος ήταν απερίτμητος. Παρ’ όλα αυτά, οι αγάδες αποφάσισαν να τον θανατώσουν.
Τον έβγαλαν λοιπόν από τη φυλακή και τον έφεραν στο Βουνάκι –μία πεδιάδα έξω από τα τείχη της Σούδας– και τον ρώτησαν τρεις φορές, αν αποφάσισε να τουρκέψει. Ο Νικόλαος, εξαντλημένος από τη νηστεία και τα βασανιστήρια, δεν απάντησε με λόγια· κούνησε μόνο αρνητικά το κεφάλι.
Τελικά τον γονάτισαν τρεις φορές, και την πρώτη του έδωσε ο δήμιος μία μπηχτή μαχαιριά στην ράχη, έπειτα τον σήκωσε πάνω και πάλι τον ρώτησαν. Την δεύτερη φορά του έκοψε λίγο τον λαιμό και πάλι τον σήκωσε και τον ρώτησαν εάν θέλει να τουρκέψει. Την τρίτη φορά που του είπαν να γονατίσει, αυτός έτρεξε με ορμή, και αφού γονάτισε, φώναξε τρεις φορές: «Παναγία, βοήθα με»· και τότε πλέον ο δήμιος τον χτύπησε με όλη του την δύναμη, αλλά πάλι δεν κόπηκε η κεφαλή του ούτε με μία ούτε με δύο, εωσότου τον έπιασε από τα μαλλιά και τον έσφαξε σαν πρόβατο. Και έτσι ο ένδοξος Νικόλαος ολοκλήρωσε τον δρόμο του μαρτυρίου και έλαβε το στεφάνι της αφθαρσίας από τον Θεό, κατά το εικοστό τρίτο έτος της ηλικίας του, το έτος 1754, στις 31 Οκτωβρίου, την έκτη ώρα (= μεσημέρι), κατά την οποία και ο Κύριός μας Ιησούς Χριστός σταυρώθηκε.
Τότε πυκνό σκοτάδι έπεσε σε όλη τη Χίο, τόσο ώστε οι άνθρωποι που είχαν συγκεντρωθεί –Τούρκοι, Χριστιανοί, Φράγκοι, Εβραίοι– δεν μπορούσαν να διακρίνουν ο ένας τον άλλον. Μέσα στο σκοτάδι, όμως, το πρόσωπο του Μάρτυρα έλαμπε σαν άστρο, ενώ φως και θαυμαστή ευωδία περιέβαλλαν το λείψανό του. Οι Αγαρηνοί, ντροπιασμένοι, έκαψαν το πρόσωπό του για να κρύψουν τη λαμπρότητά του, ωστόσο κάποιοι Χριστιανοί κατάφεραν να πάρουν μικρά τμήματα από το λείψανο και χώμα ποτισμένο με το αίμα του. Μετά από τρεις ημέρες έριξαν το σώμα του στη θάλασσα, για να μην το πάρουν οι χριστιανοί.
Τον καιρό εκείνο μια σεμνή γυναίκα, η Σμαράγδα, υπέφερε από βαριά ασθένεια. Είχε χάσει τον γιο της στην ξενιτιά και, από τη μεγάλη της θλίψη, αρρώστησε βαριά. Οι γιατροί δεν μπορούσαν να τη θεραπεύσουν, ούτε οι προσευχές και τα λείψανα άλλων Αγίων έφεραν αποτέλεσμα, και η δυστυχισμένη γυναίκα κινδύνευε να πεθάνει.
Επειδή λοιπόν αυτή δεν είχε άλλη ελπίδα, και επειδή εκείνες τις ημέρες τελείωσε τον αγώνα του μαρτυρίου ο άγιος Νικόλαος, γι’ αυτό με πολλή ευλάβεια και πίστη ζητούσε από τον Μάρτυρα την υγεία της και έλεγε στον άνδρα της να βρει κάτι από το λείψανο του Νικολάου. Εκείνος φρόντισε και βρήκε λίγο από το λείψανο του Αγίου, και η ασθενής, αφού το προσκύνησε και το ασπάστηκε, θεραπεύτηκε, δοξάζοντας τον Θεό και τον Άγιο.
Όλα αυτά τα σημειώσαμε εις δόξαν Θεού και εις τιμήν του αγίου Μάρτυρα, με τις άγιες πρεσβείες του οποίου ο Θεός είθε να μας ελεήσει και να μας σώσει ως αγαθός και φιλάνθρωπος. Αμήν.
